經過生化處理后的廢紙造紙廢水，大部分有機污染物都得到了去除，但仍有少量醛類、酯類、苯及烷烴未被降解，呈生物難降解性。對于這些物質可利用吸附、化學氧化和膜過濾等物理化學方法去除。

　　1吸附法：造紙廢水處理中常用的吸附劑有活性炭和粉煤灰等。AliceAntony等發現顆粒活性炭(GAC)可有效去除生化出水中的生物難降解有機物，且廢水中污染物的分子量及芳香族化合物含量是影響GAC處理效果的關鍵因素。另有研究以發電廠廢棄物爐底灰作為吸附劑，也取得了較好的處理效果，且爐底灰顆粒有機碳含量越高、顆粒越小，對有機污染物吸附作用越好。

　　2化學氧化：Fenton試劑和臭氧是常用的氧化劑。MarcoSLucas采用中試規模Fenton試劑處理生化出水，結果表明COD去除率超過90%。Korhonen采用臭氧氧化深度處理造紙廢水，COD的去除率達到了65%。Schmidt和Lange研究指出以臭氧作為三級處理工藝，可去除87%～97%的COD和97%的BOD。Sevimli和Sarikaya用高劑量的臭氧處理造紙廢水15min，色度的去除率達到了97%。此外，有研究者還發現經過臭氧處理后的造紙廢水，不僅COD、TOC含量和毒性明顯降低，且生物可降解性得到了提高。在臭氧氧化的基礎上，也有研究者探討基于臭氧的催化氧化工藝對廢紙造紙廢水的處理性能。

   Fontanier以催化臭氧氧化過程作為三級處理工藝處理三個不同造紙廠的生化處理出水，研究結果表明催化臭氧氧化可獲得36~76%的COD去除率，廢水的水質特性對臭氧的消耗量有較大的影響。Torrades利用多相光催化和臭氧氧化處理造紙廢水，TOC、COD、AOX和色度的去除率理想。濕式氧化也是去除難降解有機物的有效方法，但是濕式氧化需要高溫高壓的反應條件，并且反應時間較長。KindsigoM提出解決該問題的有效途徑是催化濕式氧化，并采用油頁巖堿性灰(愛沙尼亞熱量和電力生產的廢棄物)和Pt分別作為催化劑進行對比研究，結果發現堿性灰作為催化劑對COD、TOC及木質素處理效果更好，且所需反應時間短，溫度和壓強也相對較低。

　　膜過濾：膜處理技術應用于廢紙造紙廢水處理的工藝，以微濾和超濾技術為主。Falth研究指出膜分離技術可有效去除造紙廢水中的COD、色度和AOX。DePinho研究超濾技術對TOC、色度和SS的去除率分別達到了54%、88%和100%，且后續加入溶氣氣浮工藝，可進一步提高TOC的去除效率。四川某造紙廠采用微濾技術，該工藝對SS去除率達到90%以上，COD去除率達到85%以上，出水達標，運行穩定。